首先，绿色国民经济核算是一个庞大的体系，仅从与绿色核算密切相关的的核算范畴就包括自然资源、环境、生态等诸多方面，自然资源又包括水资源、土地资源、森林资源、矿产资源、生物资源、空气资源等等众多的资源。本成果只对环境污染进行了初步的实物量和价值量的核算，其它所涉及的众多问题还没有进行核算。所以，目前我国的绿色国民经济核算只是针对一些急需解决、民众迫切需要了解的重大环境污染等问题进行了核算，对于众多的绿色国民经济核算内容有的还没有开展研究，有的研究还极其粗化，不能适应绿色国民经济核算的需求。
其次，绿色国民经济核算存在许多的不确定性。在环境污染损失核算过程中，由于存在过多的不确定性，导致核算的结果受到更多的质疑。如环境污染可能到导致身体健康受损，这是大家普遍认可的一个事实，但如何通过价值量的方式进行表征就是一个很难的问题。因为身体健康受损受到多种因素的影响，如个体差异、地理因素、饮食习惯、生活习惯、气候因素等等，并不是仅仅由环境污染而引起的。由于环境污染和各种损失之间缺乏准确的一一对应关系，众多的不确定性导致核算结果的不准确性。目前在世界范围内环境污染和损失之间的定量关系研究还不能完全满足绿色国民经济核算要求，所用的核算数据是将一个点上的研究结果推算到整体层面上，这是核算数据受到质疑最大原因之一。
第三、绿色国民经济核算理论还不十分成熟。尽管有关绿色国民经济核算理论研究已经有20多年的历史，积累了丰富的经验和成果，但从整体上看，绿色国民经济核算理论还有待于进一步完善。特别是用估算的环境损失对现有的GDP（国内生产总值）进行调整，由于是两种不同的价值体系，相互进行叠加是不科学的。GDP体系是已经发生的现实的市场价格体系，而环境损失是通过各种方法进行估算的非现实价格体系，而且环境损失的滞后性、长期性和积累性存在，也很难断定出具体年份的环境损失量，用其进行调整后的绿色GDP含义就很难以明确。
尽管如此，我们应该对绿色国民经济核算持有鼓励和宽容的态度，正确处理好宏观的绿色国民经济核算结果与微观的核算技术问题之间的关系是十分重要的。只要绿色国民经济核算核算能反映一种趋势，能够为资源环境管理和决策提供理论和技术支撑，就是一种核算的进步，就要承认其价值，就应该去鼓励，不要针对一些技术细节过多地纠缠，如果完全针对核算技术细节进行讨论，不成熟就不推进，绿色国民经济核算永远迈不出第一步，建立绿色国民经济核算体系就非常遥远。
由于绿色国民经济核算任重道远，我们必须采取系统的策略加以应对。首先从整体上设计出绿色国民经济核算的框架体系，然后采取各个击破的方式进行核算，本着成熟一个方面，就推进一个方面的原则，逐步逼近绿色国民经济核算。对于绿色国民经济核算不能急于求成，但也不能消极等待，相信绿色国民经济核算的未来是光明的。
| 来源：人民网环保频道 |
