寿昌(在江西新城今黎川县)、云门(在浙江绍兴)二寺,在明末并称为曹洞中兴道场。入清以后,寿昌慧经的法嗣无异元来、永觉元贤、晦台元镜等,各振一方。元来住江西博山,其道大行。门下出宗宝道独、栖壑道丘、星朗道雄等,分传曹洞禅法于岭南和江北。道独门下出剩人函可(1611—1659 )、与天然函昰(1608 —1685)等。函可以弘法罹难,充配沈阳,开法于千山。天然为广东一大宗匠,明朝亡后,遗民士子多从他披剃。道丘(1586—1658)开山鼎湖,其法系在掺弘赞、迹删成鹫等,皆一时名德。道雄(1598—1673)住安徽庐江冶父寺,鼓扬洞上宗风,著有《教外直指》。元贤(1578—1657)重兴福州鼓山,法嗣为霖、道霈继之,讲学刻经,颇为曹洞生色。元镜弘禅于建阳东苑,门下出觉浪道盛,开法于南京天界寺,其法系颇为繁荣。
绍兴云门一系,自湛然圆澄以后,其势力颇足与临济的天童一系相颉颃。圆澄门下出石雨明方、三宜明盂、瑞白明雪,在清初均为有名宗匠。明方门下的远门净柱、位中净符,明盂门下的俍亭净挺、西遁净超,明雪门下的百愚净斯等,都是很有名的禅宿。
太平天国以后,金山、高旻、天童、天宁,号为禅宗四大丛林。道华清澄的法嗣月溪显谛与观心显慧(许樾身《观心大师塔铭》)先后重兴镇江金山。其后,大定密源(1824—190)、常静密传、性莲密法、隐儒密藏,相继整肃禅规,宗风大振。金山遂成为中国的禅宗首刹。扬州高旻寺,自清初天慧实彻(?—1735)经昭月了贞、宝林达珍至楚泉全振(1861—?),其禅规整肃,与金山齐名。常州天宁寺,清初原为律宗道场,自大晓实彻(1685—1757 )改为禅宗,至冶开清镕(1850 —1920)继主法席,宗风大盛。冶开与宜兴海会寺妙参清虚、南京香林寺济南清然、扬州高旻寺楚泉全振、苏州西园寺广慧圆德,同称为清末江南宗门五老。重兴宁波天童寺的寄禅以及湖南衡阳岐山仁瑞寺的恒志(1811—1875 )、江苏句容赤山真如寺的法忍(1845 —1905)都是清末著名的禅僧(寄禅:《恒志和尚道状》、《法忍禅师塔铭》)。
明代以来各派禅僧竞撰灯录、世谱。紫柏以《传灯》未续,为他出世一大负,因此能文缁素,都发愿有所著述。此种风气,在清代尤为流行。清代所撰的传灯僧史,有道忞《禅灯世谱》九卷,通容《五灯严统?范